为帮忙大家更快了解最新科研进展，掌握科研热点，扩展科研思路，伯豪生物特此推出最新顶刊文献速递系列推文。本期是2025年5月最新顶刊发表的单细胞转录组相关文献集萃！
顶刊文献一：Nature丨蓝斑周围异质性GABA神经元双向调控觉醒与探索行为机制
文章标题：Heterogeneous pericoerulear neurons tune arousal and exploratory behaviours
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：
作为大脑中去甲肾上腺素的主要来源，蓝斑（LC）调节觉醒、回避和应激反应。然而，局部神经调质输入如何控制LC的功能仍不清楚。发现了一群在转录水平、空间分布和功能上均具有多样性的GABA能神经元，这些神经元位于LC的树突区域，接收远距离输入并通过调节LC的放电模式来控制整体的觉醒水平以及与觉醒相关的感知处理和行为。使用病毒示踪技术定义了蓝斑周围的解剖结构并将单细胞RNA测序与空间转录组学相结合，从分子层面定义了LC中的去甲肾上腺素能神经元以及蓝斑周围（peri-LC）的各种细胞类型。利用一系列互补的神经环路研究方法，在行为小鼠中识别出支撑蓝斑周围功能多样性的多种神经元类型。研究结果表明，蓝斑及其周围神经元是一类在转录、功能和解剖上均具有异质性的神经元群体，它们共同调控觉醒与回避状态。
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顶刊文献二：Nature丨原癌基因异常驱动髓母细胞瘤进展，而非起始
文章标题：Oncogene aberrations drive medulloblastoma progression, not initiation
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：
髓母细胞瘤（ Medulloblastoma）是儿童最常见的恶性脑肿瘤之一，其中 3 /4 两种亚型 （Group 3/4 ） 因高度异质性和治疗抵抗性导致生存率极低。该研究聚焦于 Group 3/4髓母细胞瘤的遗传进化机制，分别应用单细胞核 RNA测序（snRNA-seq）和单细胞核ATAC测序（ snATAC -seq），解析肿瘤细胞转录组和染色质可及性，识别亚克隆及其功能状态（增殖、分化、祖细胞活性），精准关联转录调控与拷贝数变异，显著提高了亚克隆鉴定的分辨率 。 而后应用空间转录组学技术，通过多重原位杂交技术（100基因panel）揭示亚克隆的空间分布模式，发现MYC/MYCN亚克隆的混杂或隔离特征。
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顶刊文献三：Nature丨胶质母细胞瘤星形胶质细胞抑制肿瘤特异性T细胞免疫
文章标题：Glioblastoma-instructed astrocytes suppress tumour-specific T cell immunity
期刊：Nature（IF：50.5）
文章摘要：
胶质母细胞瘤（GBM）是最常见且恶性程度最高的原发性脑癌。该研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多色免疫荧光、CRISPR基因编辑等技术手段，深入探讨星形胶质细胞在胶质母细胞瘤免疫微环境中的作用机制，特别是它们如何通过分泌因子（如TRAIL）影响肿瘤特异性T细胞的存活和功能。研究发现胶质母细胞瘤细胞利用星形胶质细胞逃避免疫反应的新机制。他们的具体发现包括：（1）发现一群专门杀伤T细胞（对免疫反应至关重要的白细胞）的星形胶质细胞，让这个细胞群体失活就可增强T细胞活性、重塑肿瘤周围区域、增强抗肿瘤保护性免疫反应和延长小鼠生存期；（2）证实这些肿瘤细胞释放炎症分子IL-11，进一步激活这些杀伤T细胞的星形胶质细胞，导致生存期缩短和癌症更快复发；（3）设计了一种新的治疗方法，即通过改造一种病毒使之产生抑制这种免疫抑制机制的抗体。
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顶刊文献四：Cancer Cell丨单细胞和空间多组学揭示TIM-3可能是癌前阻断的靶点
文章标题：Spatial and multiomics analysis of human and mouse lung adenocarcinoma precursors reveals TIM-3 as a putative target for precancer interception
期刊：Cancer Cell（IF：48.8）
文章摘要：
在肺腺癌前体病变中，非典型腺样增生（AAH）是唯一公认的肺腺癌癌前病变，具有进展为非侵袭性原位腺癌（AIS）、微浸润腺癌（MIA），最终发展为浸润性腺癌（IAC）的潜力。目前对于肿瘤微环境（TME）如何影响 LUAD 前体病变的演变，以及TME中细胞间的相互作用和空间分布仍然知之甚少。该研究整合了空间蛋白组、和单细胞转录组和空间转录组学数据，对114例人类和589例小鼠肺腺癌不同阶段样本进行系统分析，首次在癌前阶段的髓系免疫细胞中发现免疫检查点TIM-3的高度表达，提示其可能是肺癌“癌前拦截”的重要靶点。
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顶刊文献五：Nat Genet丨人类内胚层类器官的整合细胞图谱！
文章标题：An integrated transcriptomic cell atlas of human endoderm-derived organoids
期刊：Nature Genetics（IF：31.8）
文章摘要：
人类干细胞可以在体外产生内胚层来源的复杂的多细胞上皮组织，这些组织也称为类器官，可以来源于多能干细胞或组织驻留的胎儿和成人干细胞。然而，通过与主要对应物的比较来了解类器官细胞状态的精确度和准确性，以及全面评估类器官方案之间的相似性和差异仍然很困难。该研究旨在构建一个全面的人类内胚层来源类器官的单细胞转录组图谱，并利用该图谱评估类器官的保真度、比较不同培养方案、研究细胞扰动和疾病模型。研究整合了 218个样本的单细胞转录组，涵盖不同内胚层衍生组织的类器官，包括肺、胰腺、肠、肝脏、胆道系统、胃和前列腺，以建立人类内胚层类器官细胞图谱 (HEOCA) 的初始版本。研究还通过与成人和胎儿组织参考图谱对比，评估了类器官的保真度，发现不同来源干细胞构建的类器官存在差异。该图谱可用于评估实验方案、研究疾病模型，为类器官研究提供了全面的资源。
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顶刊文献六：Nat Immunol丨单细胞、空间揭示免疫-上皮-基质调控网络
文章标题：Immune-epithelial-stromal networks define the cellular ecosystem of the small intestine in celiac disease
期刊：Nature immunology（IF：27.8）
文章摘要：
乳糜泻（CD）是一种常见的胃肠道疾病虽然已知 CD 与遗传因素密切相关，且涉及多种细胞类型，但免疫-上皮-间质之间的相互作用在肠道损伤中的具体机制尚未完全明晰。结合单细胞和空间转录组学，构建了成人和儿童CD患者的肠道免疫细胞、上皮细胞和实质细胞群网络，揭示了其独特的细胞生态系统。阐明了驱动炎症和黏膜重塑的空间局部免疫-实质的相互作用，以及特定疾病相关T细胞亚群占据不同的黏膜微环境，为开发新的治疗策略提供了关键线索。
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顶刊文献七：J Hepatol丨介导肝同种异体移植物排斥反应的中间单核细胞中的Resistin-CAP1通路
文章标题：Decoding the Resistin-CAP1 Pathway in Intermediate Monocytes Mediating Liver Allograft Rejection
期刊：Journal Of Hepatology（IF：26.8）
文章摘要：
了解肝移植后复杂的同种异体免疫微环境对于开发靶向免疫疗法和诊断生物标志物至关重要。该研究通过单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，全面分析肝移植后供体和受体免疫细胞的动态变化。研究揭示了中间单核细胞通过抵抗素-CAP1信号轴在T细胞介导的急性排斥反应中起着关键作用。使用纳米金-siRNA技术靶向这一途径有效地减轻了排斥反应并提高了移植物的存活率。
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顶刊文献八：Immunity丨增强子驱动的基因调控网络揭示了肿瘤微环境中控制T细胞适应和分化的转录因子
文章标题：Enhancer-driven gene regulatory networks reveal transcription factors governing T cell adaptation and differentiation in the tumor microenvironment
期刊：Immunity（IF：25.5）
文章摘要：
肿瘤浸润性CD8+ T细胞（TILs）中具有组织驻留记忆（Trm）T细胞表型的细胞与改善患者预后有关。该研究在感染和癌症模型中对T细胞受体（TCR）匹配的CD8+ T细胞进行了配对的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序。从多组学分析数据中组装的增强子驱动的调控，揭示了与典型耗尽和记忆T细胞状态相关的调节Trm样TIL形成的表观遗传和转录程序。研究还发现KLF2抑制Trm样TIL的形成，而BATF则促进其形成。此外，TGF-β信号和CD103表达对Trm样TIL形成至关重要。
