在 Bottom-Up 蛋白质组学（也称为“shotgun 蛋白质组学”）中，蛋白质样品经过酶切后以肽段的形式被分析，最终再推断出原始蛋白质。整个流程涉及质谱数据处理、肽段鉴定、蛋白质推断、定量分析等多个步骤。在Bottom-Up蛋白质组学中，数据分析的效率和准确性直接影响研究成果的深度和可信度。以下是六款高效处理 Bottom-Up 蛋白质组数据的6款核心工具推荐，它们在蛋白鉴定、定量分析、修饰识别等方面表现出色，适用于多种实验需求。

一、Proteome Discoverer：Thermo平台的旗舰级解决方案

Proteome Discoverer（PD）是Thermo Fisher Scientific推出的全功能数据分析平台，特别适配Orbitrap系列质谱仪。其集成了SEQUEST、Mascot、Byonic等搜索引擎，并引入了CHIMERYS™算法，有效提升了肽段和蛋白质的鉴定深度。PD支持多种定量方式，包括TMT、SILAC和LFQ，适用于DDA和部分DIA数据分析。

1、优势：

（1）集成多种搜索引擎，提升鉴定准确性

（2）支持多种定量策略，灵活应对不同实验设计

（3）图形化界面，操作直观，适合初学者和高级用户

2、用途：数据分析平台，集成多个搜索引擎（如 SEQUEST、MSAmanda 等）。

3、平台：Windows（商业软件）

二、MaxQuant：LFQ和PTM分析的黄金标准

MaxQuant是由Max Planck研究所开发的开源软件，广泛应用于无标记定量（LFQ）和磷酸化等翻译后修饰（PTM）分析。其内置的Andromeda搜索引擎支持多种修饰的识别，结合Perseus平台，可实现深入的数据挖掘和统计分析。

1、优势：

（1）强大的LFQ算法，适合大规模定量研究

（2）内置PTM分析功能，支持多种修饰类型

（3）与Perseus无缝对接，便于下游数据分析

2、用途：定量分析、肽段和蛋白质鉴定。

3、平台：Windows（部分功能可在 Linux 上运行）

三、FragPipe：速度与灵活性的完美结合

FragPipe是由密歇根大学开发的开源平台，集成了MSFragger搜索引擎和IonQuant定量模块，支持DDA和DIA数据分析。其处理速度快，定量准确性高，特别适合对分析效率有较高要求的研究。

1、优势：

（1）处理速度快，适合高通量数据分析

（2）支持多种定量方式，包括LFQ和TMT

（3）开源免费，社区活跃，持续更新

2、用途：肽段快速搜索与鉴定。

3、平台：跨平台（Windows、Linux、macOS）

四、 PEAKS Studio：整合型商业软件，支持de novo测序

PEAKS Studio是Bioinformatics Solutions Inc.推出的商业软件，支持从DDA到DIA的全流程分析。其独特的de novo测序功能，结合数据库搜索，提升了未知肽段的鉴定能力。

1、优势：

（1）支持de novo测序，增强未知肽段识别

（2）图形化界面，操作简便，适合多层次用户

（3）支持多种数据格式，兼容性强

五、OpenMS：模块化的开源分析平台

OpenMS是一个基于C++开发的开源软件，提供超过100个可组合的分析模块，支持从原始数据处理到定量分析的全流程。其TOPPView和TOPPAS工具提供了强大的数据可视化和流程管理功能。

1、优势：

（1）模块化设计，灵活构建分析流程

（2）支持多种定量策略，包括LFQ和TMT

（3）活跃的开发社区，持续更新和支持

2、用途：模块化蛋白质组学数据分析平台。

3、平台：跨平台（开源）

六、Skyline：靶向定量分析的利器

Skyline是由华盛顿大学开发的开源软件，广泛应用于靶向蛋白质组学研究，支持SRM/MRM、PRM和DIA等多种数据类型的分析。其强大的图形化界面和可视化功能，使得方法开发和数据分析更加直观。

1、优势：

（1）支持多种靶向分析模式，适用范围广

（2）图形化界面，操作简便，易于上手

（3）强大的可视化功能，便于结果解读

在高效处理 Bottom-Up 蛋白质组数据中，选择合适的数据分析工具至关重要。百泰派克生物科技拥有丰富的质谱数据分析经验，熟悉上述多种软件平台，能够根据您的研究需求，提供定制化的数据处理和分析服务。无论是大规模的蛋白质鉴定，还是复杂的PTM分析，我们都能为您提供专业的解决方案，助力您的科研工作。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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